沈青璃自幼便跟着师父在山中采药行医，练就了一身精湛的医术。然而，一场突如其来的灾祸打破了她平静的生活。当地贪官以莫须有的罪名陷害她和师父，师父为了保护她不幸丧命，沈青璃只好踏上逃亡之路。
在逃亡途中，沈青璃误打误撞地来到了京城。此时，三皇子萧景琰身中奇毒，宫廷御医们束手无策，皇宫里一片慌乱。沈青璃听闻这个消息后，心中一动，她想着或许能凭借自己的医术救下三皇子，也能借此在京城立足。
她冒死进宫为萧景琰诊病，一番仔细的诊断后，她发现萧景琰中的是一种罕见的剧毒，需要一种珍稀的草药才能解毒。而这种草药，正是她小时候在山中玩耍时，无意间发现的一株百年血灵芝。那血灵芝生长在悬崖峭壁之上，采摘十分困难。但她为了救三皇子，还是决定一试。
沈青璃凭借着精湛的医术和顽强的毅力，成功地为萧景琰解了毒。萧景琰对她感激不已，向皇帝举荐她入太医院。然而，太医院的那些御医们却对沈青璃这个外来的寒门医女充满了偏见和质疑。他们处处排挤她，还设计陷害她。
一次，一位贵妃娘娘突然身体不适，沈青璃被安排去诊治。那些御医们暗中做了手脚，想让沈青璃治不好贵妃，从而被治罪。但沈青璃凭借着自己的医术和细心的观察，识破了他们的阴谋，并成功地治好了贵妃的病。这让那些御医们对她刮目相看，但也更加嫉妒她。
就在沈青璃在太医院站稳脚跟的时候，朝中局势却发生了巨大的变化。太子勾结外戚，企图谋反。他派人在皇宫里散布谣言，说三皇子萧景琰的毒是有人故意下的，目的是想陷害他。一时间，皇宫里人心惶惶。
沈青璃察觉到了其中的异样，她凭借着自己的智慧和敏锐的洞察力，识破了太子的阴谋。她暗中收集证据，准备揭露太子的罪行。然而，太子党羽众多，他们也在时刻监视着沈青璃的一举一动。
第二章：深宫暗涌初展锋芒
沈青璃借为皇后诊脉的机会，巧妙地揭露了太子勾结宦官伪造脉案的证据。原来，太子为了让自己的计划顺利进行，贿赂了皇后身边的宦官，让他们在皇后的脉案上做手脚，企图嫁祸给三皇子。沈青璃将证据呈递给皇帝，皇帝大怒，对太子进行了严厉的斥责。
皇帝对沈青璃的表现十分满意，对她更加器重。但沈青璃的出色表现也引来了贵妃的嫉妒。贵妃担心沈青璃会威胁到自己儿子的地位，于是设计将她调至冷宫照料废妃。
废妃住在冷宫里，环境十分恶劣。沈青璃来到冷宫后，发现废妃的身体非常虚弱，似乎被人下了慢性毒药。她凭借着自己的医术，找出了废妃体内的慢性毒药，并用金针逼毒。在治疗的过程中，她还发现了废妃腕间的凤凰胎记，这似乎暗示着废妃有着不一般的身份。
深夜，沈青璃在冷宫的药房里研制解毒药剂。突然，一个暗卫出现在她面前，暗卫以刀抵喉，要求她交出毒药配方。沈青璃毫不畏惧，她与暗卫周旋，用自己研制的麻沸散放倒了暗卫。在搜查暗卫的时候，她发现了一枚西域狼头纹银币，这似乎与背后的主谋有关。
不久后，皇帝微服私访来到了冷宫。沈青璃正在为废妃施针，皇帝看到她熟练的手法和镇定自若的神情，心中大为赞赏。沈青璃趁机向皇帝揭发了贵妃克扣冷宫炭火的事情，皇帝听后，对贵妃的行为十分生气。
第三章：瘟疫危机君臣交心
边疆突然传来消息，那里爆发了瘟疫，病情十分严重。沈青璃主动请缨前往疫区。在疫区，她不顾个人安危，亲自试药，寻找治疗瘟疫的方法。她发现用烧酒消毒法可以有效地防止瘟疫的传播，于是她带领当地的百姓搭建隔离营，对病患进行隔离治疗。
然而，当地的条件十分艰苦，药材经常供应不上。为了补充药材，沈青璃带人掘野蒜充药引。在一次外出采药的时候，她遭遇了叛军的箭袭。就在她陷入危险的时候，萧景琰及时出现，为她挡了一箭。
萧景琰中箭后，高烧不退，昏迷不醒。沈青璃彻夜照料着他，在照料的过程中，她不小心窥见了萧景琰腰间的龙纹玉佩。原来，萧景琰是皇帝暗中培养的储君。
沈青璃用自己的医术和精心的照料，终于让萧景琰恢复了健康。两人在生死之间产生了微妙的情愫。然而，他们的感情却面临着诸多的挑战。
钦天监夜观星象，称“紫微星傍医星闪耀”，这引起了太后的不满。太后认为沈青璃身份低微，不配与萧景琰在一起，于是赐给沈青璃一碗避子汤。沈青璃当众摔碗拒饮，她不想因为身份的差异而放弃自己的感情。
第四章：前朝余孽掀旧浪
一天，废妃突然暴病而亡。沈青璃对废妃的尸体进行解剖，发现了她腹中的蛊虫。她通过调查，追踪到了二十年前被灭门的南疆巫医族。原来，这一切都是前朝余孽的阴谋，他们想通过蛊术来报复朝廷。
在查案的过程中，沈青璃遭人绑架。萧景琰得知后，单枪匹马地闯敌营救她。在战斗中，萧景琰肩胛骨中箭，伤势十分严重。沈青璃看着他为了自己不顾一切，心中十分感动。
为了查明蛊术的来源，沈青璃假意投诚前朝余孽。她凭借着自己的医术，用针灸诱发了叛党首领的癔症，从他口中套出了当年先帝屠城的真相。原来，当年先帝为了巩固自己的统治，对南疆巫医族进行了屠杀。
朝堂上，沈青璃当庭对质，揭露了叛党的阴谋。她用银针封穴逼供，让叛党无处可逃。然而，皇帝为了维护皇室的尊严，想杀人灭口。萧景琰以自己的性命担保沈青璃的安全，这才让她躲过一劫。
第五章：家国大义破重围
敌国以瘟疫为武器，发动了战争。沈青璃奉命押送解毒药方。在途中，她遭到了敌军的截杀。沈青璃利用自己的医术，改良了火药配方，制造出了烟雾弹。她用烟雾弹制造迷雾，带领队伍突围成功。
回到京城后，沈青璃训练医女组成情报网，收集敌国的情报。她还发现了贵妃私通敌国信笺藏在佛经夹层里。原来，贵妃为了自己儿子的皇位，不惜出卖国家的利益。
皇帝的身体越来越差，他召见沈青璃，想让她为自己延续寿命。沈青璃深知皇帝的身体状况已经无法挽回，但她还是决定试一试。她用了三天的时间，为皇帝续命三日。在这三天里，朝堂局势突变，各方势力都在争夺皇位。
萧景琰率铁骑破城门而入，他拥立沈青璃为主帅。沈青璃指挥若定，用曼陀罗花粉放倒了敌国先锋军。在她的领导下，军队取得了胜利。
第六章：凤栖梧桐定乾坤
经过一番波折，萧景琰登基成为了皇帝。然而，沈青璃却拒受妃位。她觉得自己与萧景琰身份差异太大，不想因为感情而影响朝政。萧景琰当朝折断传国玉玺相逼，他说：“若卿不留，这江山于我何意。”沈青璃被他的话所感动，最终答应了他。
大婚当日，边境传来告急的消息。沈青璃披凤冠执手术刀，亲赴战场为将士们疗伤。她用金针封穴暂稳重伤将领的性命，激励着将士们奋勇作战。
战后，沈青璃力谏设医塾纳寒门弟子学医。她刊行《青璃医典》，规范了医者操守。在她的努力下，男女皆可行医，医者的地位得到了提高。
多年后，白发帝王萧景琰与沈青璃共乘马车巡游天下。车辕悬着救命的药箱与治国的虎符，他们在江湖中留下了一段佳话。
