张凯站在超市的冷冻柜前，眼神呆滞地看着那一排排冰淇淋。他的右手下意识地伸进裤兜，反复摩挲着手机。这已经是第 37 小时了，手机依旧没有任何信号，就像一块废铁。
突然，冷藏柜的玻璃“哗啦”一声碎裂，几块碎玻璃划破了张凯的脸颊，血珠瞬间渗了出来。他还没来得及反应，就听到货架摇晃的声音。转头一看，原来是货架承受不住压力，缓缓地倒塌，几包泡面从上面滚落，掉在张凯脚边。
就在这时，一个瘦小的身影突然出现，一把捡起地上的泡面。张凯定睛一看，是个小偷，正攥着那几包泡面，眼神警惕地看着他。张凯刚想说话，小偷却转身就跑。张凯顾不上脸上的伤，拔腿就追。
两人在超市里你追我赶，最后跑到了天台。小偷被张凯逼到了天台边缘，手中的泡面也掉在了地上。张凯气喘吁吁地瞪着小偷，就在他准备上前夺回泡面的时候，地面突然剧烈地震动起来。远处的高楼大厦一栋接着一栋地倾斜、坍塌，尘土漫天飞扬。
张凯和小偷都吓呆了，他们眼睁睁地看着城市变成一片废墟。过了好一会儿，震动终于停了下来。张凯和小偷对视一眼，都有了一些劫后余生的感觉。此时，他们听到了婴儿的啼哭，循声望去，发现旁边废墟中有一个小婴儿。
张凯赶紧跑过去，从废墟中小心翼翼地抱起婴儿。这时，一个女护士林夏出现在他们面前。林夏用急救毯把婴儿裹起来，手法很专业。她一边包裹，一边说：“这是今天第三个新生儿了。”
张凯注意到林夏左手腕有一个黑色环状疤痕，看起来像是烧伤。他刚想问，林夏却指着远处说：“快看，那是什么。”张凯顺着她指的方向看去，只见三个人正抬着一个金属箱往废弃地铁方向跑去。
张凯、小偷和林夏来不及多想，赶紧跟了上去。他们在地铁站里看到了那个金属箱，箱子上印着“方舟 - 07”。还没等他们弄清楚怎么回事，突然传来一阵奇怪的声音，紧接着，一群全身长满黑色鳞片的怪物从阴暗处冲了出来，它们的眼球呈现琥珀色裂纹，模样十分恐怖。
张凯他们吓得转身就跑，那些怪物在后面紧追不舍。慌乱之中，他们躲进了一辆列车车厢。刚一进去，车厢的门就自动关闭了。这时，他们才发现驾驶座上坐着一具白骨，骨头的手指还夹着半张褪色的车票。
第二章：血色黎明
林夏看着眼前的白骨，心中有些发毛。她在白骨身上搜索着，终于发现了一个银色吊坠。她把吊坠拿在手里，仔细端详着，然后看向张凯和小偷。
“这吊坠上好像有什么线索。”林夏说。就在这时，外面传来一阵巨大的声响，怪物们开始撞击车厢门。张凯着急地说：“管不了那么多了，先想办法离开这里。”
他们三人好不容易从地铁里逃了出来，来到了一个加油站。在加油站里，他们遇到了退伍兵老陈。老陈看到他们，点了点头，然后指着西北方说：“那边有个地下防空洞，我的军用望远镜能看到那边有火光。”
张凯他们听了，决定跟着老陈去防空洞。一路上，他们小心翼翼，生怕再遇到那些怪物。终于到了防空洞，里面弥漫着一股潮湿的气味。他们走进一间密室，密室的墙壁上刻满了奇怪的符号。
张凯好奇地用手触摸那些符号，突然，符号泛起了蓝光。与此同时，林夏的吊坠也开始发光，两者产生了共振。随着共振，墙壁上出现了一个隐藏夹层，里面躺着一本泛黄的笔记本。
张凯把笔记本拿出来，翻开一看，上面写着“基因觉醒者记录”。他连忙和林夏、老陈一起看起来。原来在三个月前，气象站就检测到大气层电离异常。就在这时，张凯的右手突然不受控制地抬起，指尖迸发出蓝色电弧，把旁边的一盏油灯打翻了。
大家都被这一幕惊呆了，老陈皱着眉头说：“看来这笔记里说的基因觉醒者就是你了，张凯。”张凯自己也没想到会这样，他看着自己的手，心中充满了疑惑。
林夏说：“这上面还写着‘孢子云浓度 35%时注射抑制剂’，我们得赶紧找到抑制剂，不然这孢子云浓度越来越高，我们都得死。”
就在这时，防空洞外面传来一阵嘈杂声。张凯他们走出密室，发现是一群幸存者。其中一个领头的叫王磊，他看到张凯他们，眼神中充满了警惕。
王磊身后站着一个孕妇，孕妇的脖颈上有黑色血管纹路。张凯想起笔记里的内容，大喊：“她感染了，快走开！”但是已经来不及了，孕妇突然抽搐起来，嘴里吐出一颗翡翠色虫卵，然后倒在地上死去。
王磊和其他幸存者都慌了，他们不知道该怎么办。老陈赶紧拿出火焰喷射器，把虫卵烧成了灰烬。但是，幸存者之间已经开始互相猜疑，气氛变得十分紧张。
第三章：背叛者之影
张凯他们意识到这个地方不能待了，于是决定带着幸存者们离开防空洞。他们来到了一座生物研究所，希望能在这里找到一些有用的信息和物资。
在研究所里，电脑日志显示“方舟计划”已经启动了 17 次。张凯他们在实验室里找到了一些培养皿，培养皿里漂浮着人形阴影。林夏看着培养皿，眼中露出了一丝恐惧。
突然，研究所里响起了警报声。王磊带着一群人闯了进来，他指着张凯说：“你们才是怪物，我们不能再让你们活下去。”张凯他们还没反应过来，就被王磊的人包围了。
就在这时，老陈站了出来，他说：“你们别冲动，我们可以一起想办法离开这里。”但是王磊根本不听，他让人把张凯他们绑了起来。
林夏趁机用解剖刀抵住王磊的喉咙，她说：“你冷静点，我们有话好好说。”王磊冷笑一声，说：“你们以为这样就能威胁我吗？”就在这时，林夏发现自己的解剖刀不小心划破了王磊的皮肤，王磊的皮肤渗出了黑色黏液。
张凯看到这一幕，右手再次发出蓝色电弧，烧穿了王磊的右肩。王磊惨叫一声，他的伤口露出了金属骨骼。大家这才明白，王磊已经被感染了，而且他身上还有不可告人的秘密。
王磊的手下看到这一幕，都吓呆了。张凯趁机挣脱了束缚，和他们打了起来。在混乱中，他们发现了通风管道，于是赶紧躲了进去。
在通风管道里，张凯他们发现了一个铅盒。打开铅盒，里面有一支针管和一张纸条。纸条上写着“给女儿当生日礼物”，针管里装着蓝色液体。林夏认出这就是笔记里提到的抑制剂。
张凯刚想拿起针管，突然外面传来一阵声音：“你们别想逃。”原来是王磊还活着，他带着一些人在外面搜索。张凯他们躲在通风管道里，大气都不敢出。
第四章：记忆残片
张凯他们趁着王磊不注意，从通风管道里逃了出去。他们来到了一个地下室电影院，希望能在这里躲一躲。
电影院的银幕自动播放起灾难当天的监控录像。画面中，一颗陨石坠落在太平洋，溅起的浪花里漂着发光的海藻。张凯看着画面，想起了自己昏迷前最后看到的蓝色防护服上的罗马数字“VII”。
就在这时，林夏的吊坠突然发出光芒，投影出一份全息地图。地图显示，七个方舟基地正在全球蔓延。老陈看着地图，摸着自己胸口的弹痕说：“当年在南极科考队见过这种发光苔藓。”
张凯他们决定按照地图的指示，前往下一个方舟基地。他们在途中经过了一家珠宝店，在珠宝店里发现了林夏的工牌照片。照片上的林夏穿着白大褂，标注着“基因研究所助理”。冰柜里还冻着三根断指，看起来十分恐怖。
张凯他们对林夏的身份产生了怀疑，林夏解释说：“我是基因研究所的助理，这些断指可能是以前实验留下的。”但是张凯和老陈还是不太相信她。
尽管如此，他们还是继续朝着方舟基地前进。一路上，他们遇到了很多危险，但都一一克服了。终于，他们看到了前方有一个建筑群，那里就是方舟基地。
当他们走近方舟基地时，发现周围有很多守卫。那些守卫看到他们，立刻发出了警报。张凯他们说：“我们是来寻找生存希望的，不想和你们为敌。”但是守卫们根本不听，向他们发起了攻击。
第五章：真实之茧
张凯他们只能和守卫们战斗起来。在战斗中，张凯的右手不断释放出蓝色电弧，给守卫们造成了不小的伤害。林夏和老陈也发挥各自的优势，帮助张凯对抗守卫。
经过一番激烈的战斗，他们终于突破了守卫的防线，进入了方舟基地内部。基地里面灯火通明，有很多穿着白大褂的人在忙碌着。
他们走到一个大厅，大厅里有一个巨大屏幕墙。这时，一个光头男人出现在屏幕上，他就是通过监控和他们对话的人。光头男人微笑着说：“欢迎你们来到方舟基地，不过你们以为这里是避难所吗？这里其实是人类清除计划的最终站。”
张凯他们听了，十分震惊。光头男人继续说：“我给你们演示一下孢子云的妙用。”说着，他按下了一个按钮，大厅里的孢子云浓度开始升高。一只小白鼠在孢子云中逐渐变成了水晶雕像。
林夏突然感到一阵头痛，她的记忆开始复苏。她想起了自己曾经参与过基因编辑项目，而眼前的光头男人就是她的上司。她还想起了实验室爆炸前听到的最后一句话：“让孢子携带者自然死亡。”
就在这时，老陈突然抢过抑制剂，注入了自己的脖颈。他的瞳孔变成了竖瞳，他说：“其实我早就被感染了，我一直在找机会变异。”说着，老陈的身体开始发生变化，他变得力大无穷，向张凯他们扑了过来。
张凯他们赶紧躲避，张凯用右手的蓝色电弧攻击老陈，但老陈却丝毫不受影响。林夏趁机拿起一旁的武器，砸向老陈。老陈被砸中后，暂时退了下去。
第六章：第七方舟
张凯他们知道不能再这样耗下去了，必须想办法逃离这个基地。他们在基地里四处寻找出口，终于发现了一个电梯。他们赶紧坐上电梯，希望能到达地面。
电梯上升过程中，突然停了下来。张凯他们以为是故障了，结果电梯门打开，外面是一个太空舱一样的密室。密室里有一个宇航服，张凯走过去一看，发现头盔面罩映出他自己的脸。这时，耳机里响起了他自己的嘶吼声：“别相信任何人。”
张凯摘下头盔，看到操作台上有一段录音。录音是林夏留下的，她在录音里说：“孢子云其实是人类免疫系统的进化方向，所谓的灾难只是自然选择的加速。”
张凯听了，陷入了沉思。就在这时，他发现手中一直握着的针管抑制剂标签显示“有效期至逃离地球日”。他意识到，这一切可能都是一场更大的阴谋。
张凯他们继续在密室里寻找出口，终于找到了一艘小型飞船。他们坐上飞船，冲破了基地的顶部，来到了外面的世界。此时，他们看到周围的一切都被孢子云覆盖，宛如人间炼狱。
飞船在天空中飞行，突然遇到了一股强大的气流。飞船开始剧烈摇晃，张凯他们拼命地控制着飞船。就在这时，前方出现了一个巨大的漩涡，漩涡的吸力把飞船往里面吸。
张凯知道，这可能是他们最后的时刻了。他看着林夏和老陈（虽然老陈已经被感染），心中五味杂陈。飞船被漩涡吞噬的瞬间，张凯看到了地表闪过七个发光点，如同黎明前的萤火。他知道，那七个发光点可能就是另外六个方舟基地。
而在遥远的宇宙中，一张巨大的眼睛状星云闪烁着光芒，仿佛在注视着地球上发生的一切……
