在城市的喧嚣角落，林夏是一名小有名气的生物学家。这天，她收到了一封匿名邮件。邮件里，几张模糊不清的照片吸引了她的目光。照片上，是一些奇异的生物痕迹，还有被啃噬得不成样子的树木。发件人声称这些照片是在“寂静森林”拍摄的，那片森林位于偏远山区，一直被神秘的氛围所笼罩。
林夏的好奇心被彻底勾了起来，她决定前往这片森林一探究竟。她在探险论坛上发布了招募队友的消息，没想到响应者众多。其中，有一位退伍军人陈野，他有着健壮的体魄和丰富的野外生存经验；还有地质学生周小雨，对地质结构有着深入的研究，能为探险提供不少帮助。另外，还有摄影师阿杰，他擅长用镜头记录下每一个精彩的瞬间。
五人小队迅速集结，他们乘坐着越野车，朝着寂静森林的方向进发。一路上，大家有说有笑，对即将到来的探险充满了期待。然而，当越野车行驶到一片山脚下时，GPS信号突然消失了。仪表盘上的指针开始疯狂乱转，仿佛被一股神秘的力量所干扰。与此同时，车窗外传来了此起彼伏的狼嚎声，声音在寂静的山林中回荡，让人毛骨悚然。
陈野紧握着方向盘，手背上青筋暴起。他试图稳住心神，寻找出路。就在这时，一只夜枭突然撞上了车窗，鲜血在玻璃上溅成了一个诡异的图腾。阿杰惊恐地尖叫起来，大家的心情都被这突如其来的变故搞得十分紧张。
好不容易，他们来到了森林的边缘。在这里，他们发现了一座腐朽的木屋。木屋的门半掩着，仿佛在诉说着岁月的沧桑。林夏在木屋的墙壁上发现了一些刻痕，仔细辨认后，发现是二十年前失踪科考队的留言。留言里充满了恐惧和绝望，警告后来者不要进入这片森林。
周小雨在木屋里发现了一个地窖，她好奇地打开门，一股刺鼻的腐臭味扑面而来。地窖里堆满了兽骨，在手电筒的照射下，兽骨上泛着荧光的物质，让人不寒而栗。众人的心中都涌起了一股不祥的预感，但他们并没有退缩，决定第二天继续向森林深处进发。
第二章：迷雾中的窥视者
第二天，五人小队背着沉重的装备，踏入了寂静森林。森林里弥漫着一层厚厚的晨雾，仿佛给整个世界蒙上了一层神秘的面纱。他们小心翼翼地走着，生怕惊动了隐藏在暗处的未知生物。
阿杰的无人机刚刚飞上天不久，就被一股强大的力量击落，坠毁在不远处的地上。林夏用显微镜观察无人机的残骸时，发现了上面附着的鳞粉。这些鳞粉的形状十分奇特，与已知的任何生物都不匹配。大家的心中不禁泛起了一丝恐慌，意识到这片森林里隐藏着一种未知的危险生物。
陈野在地面上发现了一些巨大的脚印，脚印的形状不像是人类或者常见的动物。他顺着脚印的方向追踪而去，却发现这些脚印在一棵树下突然消失了。树皮上残留着黏液，散发着刺鼻的气味。周小雨被藤蔓绊倒，就在她即将摔倒的时候，一条粗壮的树根将她托起。她仔细一看，发现树根上刻满了血色符号，仿佛是某种神秘的警示。
夜晚，众人在露营地休息。然而，帐篷却遭到了不明生物的袭击。帐篷被撕开了一道道口子，物资也被翻得乱七八糟。在混乱中，他们发现同行的记者李薇失踪了。大家的心都提到了嗓子眼，决定分头寻找李薇。
林夏在一棵桦树皮上发现了李薇留下的求救暗号。她顺着暗号的方向追踪而去，在地上捡到了一个带血的录音笔。播放录音笔里的内容，听到了李薇临终前的嘶吼：“它们会在你回头时从影子里钻出来...”林夏的后背不禁冒出了冷汗，她意识到李薇很可能已经遭遇了不测。
第三章：活体迷宫
剩下的四人不敢再分开，他们决定一起寻找李薇的下落。在森林的深处，他们发现了一座由真菌构成的移动城墙。墙体上布满了人形空洞，仿佛是一双双眼睛在注视着他们。阿杰拿出相机，想要记录下这罕见的一幕，却引发了菌丝的暴动。菌丝像一条条黑色的蟒蛇一样，向他们缠来。
陈野迅速从背包里取出燃烧瓶，向着菌丝扔去。火焰瞬间吞噬了菌丝，他们趁机逃离了危险区域。然而，新的问题又接踵而至。周小雨不小心触碰了一个古老的孢子囊，孢子囊破裂后，释放出了彩色的毒雾。毒雾迅速蔓延开来，阿杰吸入毒雾后，产生了幻觉。他眼神迷离，举起相机想要拍摄大家，却发现镜头里的众人都长出了鳞片。
林夏知道必须尽快找到解药，否则大家都会有生命危险。她解剖了一只变异松鼠的尸体，发现它们的细胞正在吞噬金属。这一发现让她有了一个大胆的想法。她将指南针贴近树干，果然，指南针的指针发生了偏转，证明树干里含有金属成分。众人伐木造船，准备横渡眼前的黑色沼泽。
第四章：时间错乱的巢穴
小船在黑色沼泽上缓缓前行，周围的环境显得格外阴森。突然，小船触礁了，船身剧烈摇晃起来。陈野不慎触碰了一块青铜板，刹那间，天空中出现了海市蜃楼。在海市蜃楼里，他们看到了自己老年死亡的画面。林夏看到自己死于手术台，陈野葬身火海，周小雨化作白骨，阿杰溺亡。众人的心中充满了恐惧和绝望，但他们没有放弃，继续朝着前方前进。
穿越时空乱流后，他们来到了一个巨大的洞穴。洞穴里布满了肉粉色的钟乳石，每一根钟乳石都在分泌着致幻气体。阿杰不小心吸入了过多的气体，彻底疯癫了。他拿起相机，疯狂地拍摄着虚空，嘴里喊着：“它们禁止人类知晓真相。”
这时，一只巨大的生物从洞穴深处游了出来。它的身体像巨蟒一样，却没有眼睛。林夏迅速从背包里取出样本瓶，采集了生物黏液的样本。她将两种变异植物的汁液混合在一起，制造出了一个烟雾弹。烟雾弹爆炸后，巨蟒发出了超声波哀嚎，暂时退去了。
第五章：共生者的抉择
众人继续深入洞穴，在洞穴的深处，他们发现了一个祭坛。祭坛上摆放着二十年前的科考队遗体，令人惊讶的是，这些遗体竟然保持着鲜活的状态。周小雨触动了一个机关，地面突然裂开，露出了一个地下实验室。在实验室里，有一个穿着防护服的科学家，他的眼神空洞，仿佛失去了灵魂。
林夏在科学家的电脑上发现了一些实验日志，日志揭示了一个惊人的秘密：军方曾经在这里进行生化实验，创造了一种共生体。这种共生体依靠吞噬生命延续文明，而李薇已经成为了母体意识的载体。
就在这时，母体意识通过李薇的声音发出警告：“带走样本者将成为新宿主。”陈野果断地拿出炸药，炸毁了实验室。然而，林夏偷偷保留了一块菌核，她想要用这块菌核来换取人类的进化。
第六章：林海无声
五人小队终于走出了寂静森林。然而，当他们回到城市后，却发现世界已经变了。手机恢复了信号，但新闻播报着全球突发大规模器官再生案例。阿杰上传的视频引发了热议，画面里陈野背后的影子长出了第三只手。
周小雨发现自己的身体也发生了异常，她的皮肤开始光合作用。她惊恐地发现自己正在变成一棵行走的树苗。更让她恐惧的是，她能在泥土里听见李薇的呼唤：“回来陪我...”
林夏在深夜接到了一个神秘电话，电话那头的声音正是李薇。李薇准确地说出了五人小队的坐标，并告知母体正在苏醒。林夏看着培养皿里分裂的菌核，镜头定格在她逐渐异化的瞳孔上。而此时，远处的森林传来了熟悉的狼嚎声，仿佛在预示着新的危机即将来临。
